生物燃气与环境工程中心是研究所核心组群之一，承担了中国科学院在生物天然气领域唯一的省部级研发平台-生物天然气山东省工程研究中心,主要从事农业、城市有机废弃物生态化、能源化、资源化综合利用技术研究、装备开发和产业化推广。先后承担中国科学院重大突破项目“秸秆基百万立方生物天然气产业化系统”、中国科学院科技成果转移转化重点专项“分布式农业生物质沼气规模化生产与利用产业化”、中国科学院战略性先导科技专项A类课题“城镇化区域生物天然气综合利用与分布式供能工业化示范”及其他国家重点研发计划、973课题、863课题、重大装备研制等项目100余项。开发的有机固废制生物天然气和有机肥产业链技术与装备体系经院士领衔的专家组鉴定为技术水平国内领先、国际先进”,产业化推广效益显著，引领行业技术更新换代。