生物燃气与环境工程中心是研究所核心组群之一，承担了中国科学院在生物天然气领域唯一的省部级研发平台-生物天然气山东省工程研究中心。主要从事农业、城市有机废弃物制备生物天然气技术研究、装备开发和产业化推广，同时拓展出了污水治理新材料、工业尾气及其他一碳气体制备微生物蛋白等研究方向。先后承担中国科学院重大突破项目“秸秆基百万立方生物天然气产业化系统”、中国科学院科技成果转移转化重点专项“分布式农业生物质沼气规模化生产与利用产业化”、中国科学院战略性先导科技专项A类课题“城镇化区域生物天然气综合利用与分布式供能工业化示范”及其他国家重点研发计划、973课题、863课题、重大装备研制等项目100余项。开发的生物天然气产业链技术与装备体系2016年即经院士领衔的专家组鉴定为技术水平“国内领先、国际先进”,中心的技术创新和产业化推广在业内产生了重要影响，最新开发的多级仿生厌氧发酵技术引领行业技术更新换代。